在南疆處于察合臺后人統治之下時，原來游牧于蒙古草原和葉尼塞河上游的蒙古厄魯特部進占了新疆北部。17世紀初，厄魯特部中最強的準噶爾部在北疆建立政權，史稱"準噶爾汗國"。1678年準噶爾汗國的噶爾丹汗在維吾爾人阿帕克和卓的引導下，率領準噶爾軍隊南下，消滅了葉爾羌汗國，并建立了以阿帕克和卓為“帕夏”（皇帝）的政權，對南疆實行統治。

阿帕克和卓是伊斯蘭教中的伊禪派首領，他建立的是政教合一的農奴制政權。從此以后，阿帕克和卓及其后人，為了保住自己的統治地位，相繼依靠準噶爾部蒙古人和中亞的外來侵略者，在近200年中，不斷在南疆制造分裂和暴亂，給維吾爾族人民造成了巨大的災難。

（據:郝文明、王鐵志主編之國家民委民族問題研究中心專著《中國民族》，中央民族大學出版社，2001年3月版。）